W Wielkiej Brytanii wykryto 18 nowych gatunków bakterii w danych o raku prostaty — News-Medical
W Wielkiej Brytanii naukowcy z University of East Anglia odtworzyli genomy 18 wcześniej nieopisanych gatunków bakterii w danych sekwencjonowania pacjentów z rakiem prostaty. Większość wykrytych mikroorganizmów pochodziła z jamy ustnej, w tym przedstawiciele rodzajów Porphyromonas i Treponema, informuje News-Medical.
Dane wcześniej odrzucane
Zespół przeanalizował 2176 zestawów danych sekwencjonowania zebranych przez międzynarodowe konsorcjum Pan Prostate Cancer Group. Naukowcy odtworzyli 249 niemal kompletnych genomów bakterii w danych 194 pacjentów. Spośród nich 24 genomy nie odpowiadały żadnemu z wcześniej opisanych gatunków.
Podczas sekwencjonowania guzów lub próbek krwi część fragmentów DNA nie pasuje do ludzkiego genomu. Zazwyczaj takie dane są odfiltrowywane jako szum, jednak tym razem naukowcy zastosowali składanie metagenomowe, aby odtworzyć z tych fragmentów genomy bakterii. Dla 16 nowych organizmów zespół zaproponował tymczasowe nazwy naukowe, w tym Candidatus Porphyromonas leptis, Candidatus Treponema oralis oraz Candidatus Nanosyncoccus prostatocharitus.
Więcej aktualnych wiadomości na kanale UA.News w Telegramie Telegram.
Związek przyczynowy nie został jeszcze ustalony
Badacze podkreślają, że nie twierdzą, iż bakterie te mogą powodować raka prostaty. Jednocześnie uzyskane genomy mogą pomóc stworzyć specyficzne testy DNA, hodować mikroorganizmy w laboratorium oraz oddzielnie zbadać ich możliwy związek z agresywnym przebiegiem choroby.
Wcześniej zespół informował o związku zestawu bakterii beztlenowych, z których część pochodzi z jamy ustnej, z ponad dwukrotnie wyższym prawdopodobieństwem progresji raka prostaty. W nowej pracy określono również prawdopodobne warunki hodowli wykrytych mikroorganizmów i opracowano zwalidowany test DNA do precyzyjnego wykrywania jednego z gatunków. Badanie opublikowano w czasopiśmie npj Biofilms and Microbiomes.
